Carolyn Arnold, Rachel Pilla, Keith Chaffin, Jonathan Lidbury, Joerg Steiner OrcID and Jan Suchodolski
Animals 2021, 11(6), 1807;
https://doi.org/10.3390/ani11061807
Cominciando da quello che ormai viene considerato un assioma, ossia che gli antimicrobici hanno ridotto la diversità e alterato la composizione della comunità batterica del microbioma fecale dei cavalli; il seguente studio dimostra come le differenze nel microbioma dei cavalli trattati che sviluppano diarrea associata ad antimicrobici (AAD) non siano elevate rispetto a quelle dei cavalli trattati che non sviluppano diarrea (ABX). Ovviamente, maggiori diversità si hanno tra cavalli AAD, ABX e il gruppo di controllo non trattato (CON), che non ha sviluppato diarrea.
La diarrea è un effetto avverso della terapia antimicrobica nei cavalli. Questo studio caso controllato ha confrontato il microbioma fecale e il metaboloma dei cavalli trattati con antibiotici che hanno sviluppato diarrea (AAD, n = 17) con quelli che non hanno sviluppato diarrea (ABX, n = 15) e con una popolazione di controllo non esposta agli antibiotici (CON, n = 31). Campioni fecali sono stati raccolti da cavalli che sono stati abbinati per dieta e agente antimicrobico (compresi dose, percorso e durata della terapia). È stato eseguito il sequenziamento Illumina dei geni rRNA 16S e QIIME 2.0 è stato utilizzato per generare metriche di diversità alfa e beta. La composizione del microbioma era significativamente diversa in AAD rispetto a CON (ANOSIM, R = 0,568, p = 0,001) ma non a ABX (ANOSIM, R = 0,121, p = 0,0012). I cavalli AAD e ABX avevano una ricchezza e un’uniformità significativamente diminuite rispetto ai cavalli CON (p <0,05). I cavalli trattati con antimicrobici (AAD e ABX) hanno avuto cambiamenti significativi in 14 phyla rispetto ai cavalli CON. Solo la Verrucomicrobia distingueva i cavalli AAD da ABX e CON (q = 0,0005). Profili metaboliti di cavalli con AAD raggruppati separatamente dai cavalli ABX e CON. Sette metaboliti sono risultati significativamente differenti tra i gruppi (p <0,05): L-tirosina, acido chinurenico, acido xanturenico, acido 5-idrossiindolo-3-acetico, etil estere dell’acido docosaesaenoico, daidzeina e N-acetiltiramina. I profili dei metaboliti dei cavalli trattati con antimicrobici, in particolare quelli con AAD, sono alterati rispetto ai cavalli CON.
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